关于本病的发病机理，归纳起来主要有以下几点：①黄体酮作用：妊娠期黄体酮分泌增多，致输尿管壁松弛，管腔扩张，蠕动降低，引起功能性尿流阻滞，肠道平滑肌收缩减弱，易发生便秘。结肠肝曲邻近右肾，肠道细菌易沿淋巴管侵入右肾。②子宫压迫：妊娠期增大的子宫在骨盆入口处压迫输尿管，造成机械性梗阻，使尿流受阻，便于细菌的侵入、停留、繁殖而致病。另外妊娠子宫多向右旋，右侧输尿管更易受压。由于左侧输尿管前方有乙状结肠作垫衬，起缓冲作用，故右侧感染的发生率要多于左侧。③其他机理：在妊娠中后期，盆腔瘀血、子宫及胎头推压膀胱，造成排尿不畅，从而引发尿路感染。
据临床统计，妊娠期的上尿路感染发生显著增加，国内报道，对183名妊娠期妇女做定位检查，上尿路感染者5例，占2.73%，明显高于其他女性人群。Kass报道未经积极治疗的无症状菌尿孕妇42%发生急性肾盂肾炎。有人对菌尿症孕妇做静脉尿路造影，发现异常者较多，包括慢性肾盂肾炎、尿路结石、肾乳头坏死等。血中尿素水平明显高于无菌尿者。
另外，菌尿症妊娠高血压综合征发病率亦增加，且易发生先兆子痫和子痫。因此，在妊娠期出现蛋白尿时，除应注意妊娠高血压综合征外，还应考虑菌尿症的可能，约有3/4的菌尿症患者出现蛋白尿。
还有，妊娠期的尿路感染还可并发流产、早产及死胎。早在1965年Kass报道，200名孕妇中6 %患无症状性菌尿，其中15%～20%发生早产，20%～25%发生死胎。经治疗后，早产发生率可下降7%，尿路感染对胎儿的影响可能与致病菌的毒素增加子宫收缩，并通过胎盘直接影响胎儿有关。
