因为泌尿系感染主要是由细菌感染所引发，故临床若想控制发热，首先应尽早、正确的选用抗生素。药物的选择原则应从感染部位、尿培养结果、药物敏感试验结果、药物对肾脏毒性的大小等几方面考虑。儿科临床常用药有呋喃坦啶、磺胺类药、氨苄青霉素、先锋霉素，较大儿童亦可选用氟哌酸等。一般情况下，经及时抗炎治疗，发热会随其他症状好转而缓解。若身热较高，则可对症选用药物降温，或用物理方法降温。
此外，还应加强护理，嘱患儿多饮水，以促进排尿，减少细菌在尿路的停留时间。注意保持尿道口局部清洁。急性期还应嘱咐患儿注意休息，避免劳累。得当的护理均有利于体温的下降及病情的好转。
本病治疗过程中还应注意一个十分重要的问题，就是在发热已经得到控制的情况下，不能随意中断药物治疗，必须用足疗程，以防止本病反复再发。通常疗程在7～14天。
